Francisco de Borja puede referirse a las siguientes personas o poblaciones:
Personas
- Francisco de Borja (1441-1511), cardenal de la iglesia católica.
- Francisco de Borja (1510-1572), duque de Gandía y santo de la Iglesia Católica.
- Francisco de Borja y Aragón (1581-1658), hijo de Juan de Borja y Castro y de Francisca de Aragón y Barreto.
- Francisco de Borja y Miguel (1609-1689), sacerdote, obispo del Tucumán y de Trujillo.
- Francisco de Borja y Poyo (1733-1808), marqués de Camachos y capitán general de la Real Armada Española.
- Francisco de Borja Álvarez de Toledo y Gonzaga (1763-1821), hijo de Antonio Álvarez de Toledo y Pérez de Guzmán y María Antonio Gonzaga y Caracciolo.
- Francisco de Borja Fernández (1789-1869), juez y legislador argentino.
- Francisco de Borja Solar (1807-1891), político chileno.
- Francisco de Borja Queipo de Llano (1840-1890), conde de Toreno, historiador y político español.
- Francisco de Borja Valdés (1851-1929), agricultor y político chileno, miembro del Partido Liberal.
- Francisco de Borja Valenzuela Ríos (1917-1998), sacerdote y obispo chileno.
- Francisco de Borja-Pérez Peñas (n. 1982), futbolista español conocido como Borja Pérez.
Lugares
- San Francisco de Borja, uno de los 65 municipios del estado mexicano de Chihuahua.
- San Francisco Borja, población, cabecera del municipio homónimo en el estado mexicano de Chihuahua
